档案整理首先要保持历史联系的关联性
某些档案材料由于保存的时间较长，其自身和档案整理体系都会发生某些变化，也要对其进行相应的调整。对零散文件的整理，且对档案进行全过程的整理工作，包括区分全宗类档案的分类。整理工作的基本原则是大方向的整理，首先就是必须保持文件之间真实历史的联系，而文件之间历史联系主要体现为文件在其来源、形成、时间、内容和形式等方面密不可分的关联性。因此我们这个原则，首先要保持文件之间这种历史联系以及各个方面的关联性。
档案的实体案卷或文件的完整性需要检查和加固性处理
当案卷或文件有规格不一、纸张破损、卷边折边等情况，就需要启动实体修整工作，以确保档案实体平整清洁，适于数字化。修整性工作包括美观性整理与加固性整理。美观性整理主要是指档案材料的清洁，包括清扫灰尘，去除残留装订物，舒展折边卷边等。其目的是使纸质档案实体高质量进入扫描设备。加固性整理，一般指对非标准规格档案、破损档案、过脆档案进行衬页、托裱等，进一步保护和延长实体寿命。
档案整理实际工作中需要注意的地方
在实际工作中，对于零散的档案资料或数量较少的某一产品、某一项目或某一型号的档案资料，采用文件级档案整理，能够使类目数量庞大的问题有效避免，提高整理和管理工作效率;案卷级档案整理方法适用于部分数量较多的某一产品、某一项目或某一型号的档案资料,可以在沿用同类档案整理方法的同时，使档案信息的整体性得以有效保持，有利于后期管理和利用。通过案卷级档案整理和文件级档案整理相配合的方法，能够有效提升整理工作质量和效率。