但是，过度依靠化学药杀虫防霉也引起了许多问题，如人畜累积毒、环境和粮食污染及害虫抗药性逐渐加强。有调查显示我国40个粮库所采集的米象、谷蠹、玉米象、锯谷盗、赤拟谷盗和锈赤扁谷盗等６个品系的77个虫样，其中抗性虫样约占62％，主要集中在河北、湖北、四川和广东等地。对于害虫抗性的形成，研究者提出了许多理论，如基学说、变学说等，但大都认为多次使用同种药剂会强化害虫对药剂的适应性。目前，因具有良好的扩散性、杀虫效果好、操作简单、成本低的优势，我国约90％的粮库采用磷氢熏蒸防治储粮害虫，其有的地位。
为了解决防治抗性害虫的问题，研究者对熏蒸剂做了大量研究：1、利用辣根素在２８℃时熏蒸处理玉米，两天后发现，辣根素对赤拟谷盗，谷蠹和玉米象有明显抑制效果。2、为了探究玉米氨气熏蒸储藏对毒B1（AFB1）的降解率，设计了熏蒸温度、氨气浓度、熏蒸时间及玉米水分对AFB1降解率的影响实验，再由正交试验及响应面分析得到佳组合：熏蒸温度37℃、玉米水分20％、氨气体积分数7.05％、熏蒸时间96h，玉米实测降解率值为92％。
3、臭氧对保存玉米储藏品质可行性。测量了经臭氧处理后，玉米中的赭曲霉毒A（OTA）的降解率和玉米脂肪酸值的变化，结果显示：30g／m3臭氧处理120min或60ｇ／ｍ3臭氧处理90min可将80μｇ/L的OTA标准品基本降解；60g/m3臭氧处理10h可将玉米储藏中污染的80μｇ/kgOTA降解到安全水平（5μｇ/kg）以下，并对玉米脂肪酸值无明显影响，那么臭氧可有效降解玉米中污染的OTA，且不影响玉米的脂肪酸值。在对臭氧防治霉虫进行实仓的研究中，认为与相比，臭氧熏蒸具有无污染、无残留、效果好等优势，而且对粮库密闭性要求低，成本低，可广泛用于储粮防霉灭菌。
有机酸防霉剂使用一些有机酸化学药，如甲酸，及其盐类等防霉剂，抑制或高水分粮食中的霉菌，从而保证粮食的品质。霉菌存活条件偏碱性，这些有机酸可改变碱性环境，还可以作为代谢中间产物参加代谢活动，起到防霉抑菌作用。国外的研究实验发现，玉米在温度27℃，水分18％时，使用0.5％和1.0％的有机酸及其盐类可有效防霉。使用1％的丙酸，可高度抑制等产毒霉菌。山梨酸是一种常用食品防霉剂，但溶解度小，故常用其钾盐抑菌，有报道说明山梨酸防霉低浓是0.02％～0.08％。霉菌制剂KMC-LF2有显著效果，其比例为6kg/t，玉米水分为20％时，效果佳。常用有机酸防霉剂还有丁酸及异丁酸，二氧化氯－有机酸等。